人类肠道菌群含有数千种微生物群落，其中包括细菌、真菌、病毒等。每个人的肠道菌群都不同，其占比也存在差异。一般而言，肠道中细菌的数量比其他微生物多，约占菌群总量的90%以上，而整个菌群的总量大约为100万亿个细胞。具体的菌群占比因人而异，取决于不同的饮食、环境和遗传因素等。
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